Jest rok 200X. Tajemnicza organizacja "Amadeus" daje znać iż planuje ona przejąć kontrolę nad wojskowymi systemami wielu krajów, używając w tym celu komputerowego wirusa. Narodowa konferencja przeciwko cyber-terroryzmowi powoduje do życia specjalna drużynę która ma zakończyć działanie "Amadeusa". Po otrzymaniu zdjęcia wroga z satelity, drużyna która ma rozwiązać problem: Marco, Fio i całkowicie nowe postacie Trevor i Nadia, oglądając zdjęcia rozpoznają starych wrogów... Czy nasza nieustraszona czwórka zdoła zapobiec cyber terroryzmowi? Tego wszystkiego i jeszcze więcej dowiecie się w grze Metal Slug 4!